File PDF .it

Condividi facilmente i tuoi documenti PDF con i tuoi contatti, il Web e i Social network.

Inviare un file File manager Cassetta degli attrezzi Ricerca PDF Assistenza Contattaci



ESERCIZI ricombinazione .pdf



Nome del file originale: ESERCIZI ricombinazione.pdf
Titolo: ESERCIZI RICOMBINAZIONE
Autore: Lucio Botte

Questo documento in formato PDF 1.5 è stato generato da Microsoft® Office PowerPoint® 2007, ed è stato inviato su file-pdf.it il 24/10/2014 alle 17:17, dall'indirizzo IP 79.46.x.x. La pagina di download del file è stata vista 4190 volte.
Dimensione del file: 24.6 MB (51 pagine).
Privacy: file pubblico




Scarica il file PDF









Anteprima del documento


ESERCIZI
RICOMBINAZIONE

ESERCIZIO 1







Vengono incrociati due ceppi di E. coli: Hfr his+ thr+ ser+
x F- his- thr- ser-. Si sa che his+ entra nel ricevente per
ultimo, quindi si selezionano i ricombinanti his+ su terreno
contenente solo thr e ser. I ricombinanti vengono poi
saggiati per la presenza di thr+ e ser+, e di ciascun tipo si
trovano:
his+ thr+ ser+ 685
his+ thr- ser- 80
his+ thr+ ser- 18
his+ thr- ser+ 180





Qual è l’ordine dei geni?

Quali sono le distanze di mappa in
unità di ricombinazione?

SVOLGIMENTO….






Abbiamo selezionato per il marcatore his
che è l’ultimo ad entrare nei batteri
riceventi.
Calcoliamo le frequenze di ricombinazione
fra la thr e la ser e fra his e thr.
La frequenza di ricombinazione si calcola
con la formula:

FR= (N# Ricombinanti / N#totale individui) X 100



Calcoliamo la FR fra thr e ser: 18 + 180 / 963 = 20.56 um

 FR fra his e ser: 80 + 18 / 963 = 10.17 um



FR fra his e thr 80 + 180 / 963 = 26.99 um



Avendo individuato i doppi ricombinanti
sappiamo che il marcatore ser è al centro della
mappa genetica, avremo quindi come mappa:

thr ser his

ESERCIZIO 2
Due ipotetici ceppi virali (a- b- c- e a+ b+ c+) vengono utilizzati per

infettare

contemporaneamente una coltura batterica. Nelle 10.000 placche
analizzate si osservano i seguenti genotipi:

a+ b+ c+
a- b- ca+ b- ca- b+ c+

4110
3990
730
670

a- b+ ca+ b- c+
a- b- c+
a+ b+ c-

160
140
90
110

A.Determinare posizione relativa e distanza dei geni sul cromosoma;

B. Determinare il valore dell’interferenza.

SVOLGIMENTO…
A. Indivuduate le classi parentali andiamo a
considerare le diverse FR tra i vari geni.

La distanza tra a e c è:

(730+670+90+110)/10000=16 ,3 %

la distanza tra c e b è:

(160+140+90+110)/10000=5 %

B) Ricordando che…..
Interferenza = 1- coeff di coincidenza
(c.o.c.)

c.o.c =

frequenz osservata dei doppi
ricombinanti / frequenz attesa
dei doppi ricombinanti

NB: INTERFERENZA = fenomeno che porta alla formazione di un
numero minore di doppi ricombinanti rispetto alle frequenze attese .

I doppi ricombinanti osservati sono:
(110+90)/10000=2%
mentre dai dati di mappa si deduce che gli attesi
sono
0,16x0,05x10000=0,8%;

il coefficiente di coincidenza è quindi 2/0,8=2,5
per cui l’interferenza I è
1-2,5=-1,5.
Questo è un caso di Interferenza negativa, in quanto i doppi ricombinanti
osservati sono minori di quelli attesi.

ESERCIZIO 3
Considerando…
 cromosoma omologo 1: A—B
 cromosoma omologo 2: a—b Viene
inincrociato
I due geni A e B sono sullo stesso
cromosoma a 20 unità di distanza.
Indicare le classi fenotipiche attese.

SVOLGIMENTO….




Esiste una piccola formuletta che consente di
calcolare le classi fenotipiche e genotipiche
considerando il numero di coppie alleliche in
eterozigosi.
Detto n il numero di coppie alleliche in
eterozigosi (es: monoibrido 1; diibrido, come nel
nostro caso 2; triibrido 3) per calcolare il numero
di classi fenotipiche si fa 2 alla n (2^n);





Per calcolare il numero di classi
genotipiche 3 alla n (3^n).

Da ciò nel nostro caso avendo n=2
avremo (2^2) 4 classi fenotipiche:

1) A_B_
2) aabb
3) A_bb
4)aaB_


Le prime due classi sono quelle parentali, le
altre due sono le ricombinanti che hanno una
FR(frequenza di ricombinazione) del 20%
essendo distanti i due geni 20 u.m. (unità di
mappa)

ESERCIZIO 4….




Nel grano i geni a , b e c sono tutti sul
cromosoma 7 ma non necessariamente
nell’ordine dato.
L’incrocio di piante con genotipo + b c / a
+ + con piante con genotipo a b c /a b c
produce una progenie di 1000 individui
con i seguenti fenotipi:

+ b c 209;
a + + 213:
+ b + 175;
a + c 181;
+ + c 69;
a b + 76;
+ + + 36;
a b c 41;

Determina la distanza di mappa tra i geni e l’ordine
di essi sulla mappa genetica.

SVOLGIMENTO….
Innanzi tutto vanno identificati i due fenotipi
parentali; in questo caso la traccia
dell’esercizio ce li fornisce:
+bc e a++
 Dopo questo primo passo, vanno calcolate
le distanze di mappa fra i loci a e b e fra i loci
b e c, utilizzando la formula per calcolare la
frequenza di ricombinazione fra due loci:


FRa-b = numero di individui ricombinanti /
totale individui popolazione.











Calcoliamo quindi:
FRa-b = 69 + 76 + 36 + 41 / 1000 = 0.225 o
22,5 um (unità di mappa o centimorgan)

FRb-c = 175 + 181 +69 + 76 / 1000 = 0.501 o
50.1 um
FRa-c = 175 + 181 + 36 + 41 / 1000 = 0.433
o 43.3 um
Nota bene: essendo i loci b e c distanti più di 50
um, essi non sono associati



A questo punto abbiamo un’ idea di come
siano collocati i tre geni sulla mappa:
b a c



Nota bene: se sommiamo le due singole
distanze di mappa fra a e b e fra b e c il
numero risultante è ben più grande di 50 um,
questo perchè oltre le 50 unità di mappa
non è possibile stabilire la distanza fra due
loci tramite l’analisi di un incrocio a tre
punti.

ESERCIZIO 5….
Dal reincrocio di un triibrido si ottiene la seguente
distribuzione di fenotipi nella progenie:
+ + + 37
a + + 1000
a+c5
+ + c 64
+ b c 1001
+b+4
a b + 67
a b c 34

Determinate ordine dei
geni, distanze di
mappa e interferenza.

SVOLGIMENTO….
 Prima

di tutto contiamo il numero di
classi fenotipiche presenti (8 in tutto)
e identifichiamo i due fenotipi
parentali, cioè quelli più numerosi,
ovvero a++ e +bc.



Proseguiamo determinando le distanze di
mappa attraverso l’utilizzo della formula:

FR (frequenza di ricombinazione) = Numero di ricombinanti fra i due
loci / numero totale individui X 100







Abbiamo quindi:
FR ab = 37 + 64 + 67 + 34 / 2212 X 100 = 9.1
unità di mappa
FR bc = 5 + 64 + 4 + 67 / 2212 X 100 = 6.3
um
FR ac = 37 + 5 + 4 + 34 /2212 X 100 = 3.6
um



Confrontando le tre distanze di mappa il modello
proposto è:
a____3.6___c____6,3_____b



Resta da determinare l’interferenza, ovvero quel
fenomeno che porta alla formazione di un
numero minore di doppi ricombinanti rispetto
alle frequenze attese .



Per calcolarla basta applicare la formula:
I= 1-(numero doppi ricombinanti ottenuti/ d
oppi ricombinanti attesi).



Per calcolare il numero di ricombinanti attesi
occorre calcolare il prodotto delle
duefrequenze di ricombinazione e
moltiplicarlo per il totale degli individui.

DUNQUE…..


(0.036 x 0.063) x 2212 = 5.01



I= 1 – ( 5 + 4 / 5.01) = 1 – 1.8 = -0.8



Questo è un caso di Interferenza
negativa, in quanto i doppi ricombinanti
osservati sono minori di quelli attesi.

ESERCIZIO 6….
Nella Drosophila melanogaster sono
presenti tre geni che chiameremo x, y
e z, ognuno dei quali ha un allele
mutante recessivo rispetto all’allele
selvatico. Da un incrocio tra maschi
selvatici e femmine eterozigoti per
questi tre loci si sono ottenuti questi
risultati:

Femmine: +++ 999
 Maschi:


+++ 37
+yz 33
x++ 26
++z 435
xy+ 439
xyz 32

Totale= 1002

Basandoti

sui dati
riportati, ricostruisci una
mappa di associazione
dei tre geni e calcola il
coefficiente di coincidenza.

SVOLGIMENTO….


La prima cosa che salta all’occhio dal risultato di
questo incrocio è che abbiamo 999 femmine
tutte wild type e 1002 maschi con vari fenotipi:
questo dato sta ad indicare che i tre geni presi in
esame sono localizzati sul cromosoma X:
infatti come risultato fenotipico, le femmine nate
hanno ereditato il cromosoma X del padre che
possiede tutti e tre i geni wild type.







Stabilita questa prima verità, identifichiamo i
due genotipi parentali: essi corrispondono ai
fenotipi dei maschi più rappresentati, in quanto i
maschi di Drosophila possiedono un corredo
cromosomico di tipo X Y e il cromosoma X è
ereditato per forza dalla madre. Essi sono
quindi:
++z 435 e xy+ 439
Basandoci sulle due classi parentali, analizziamo
ora le frequenze di ricombinazione fra i tre loci
utilizzando la classica formula:
FR (frequenza di ricombinazione) = Numero di
ricombinanti fra i due loci / numero totale
individui



Basandoci sulle due classi parentali, analizziamo
ora le frequenze di ricombinazione fra i tre loci
utilizzando la classica formula:

FR (frequenza di ricombinazione) = Numero di ricombinanti
fra i due loci / numero totale individui

FR fra x e y = 33 + 26 / 1002 = 0.0588 = 5,88
um (unità di mappa)
FR y e z = 32 + 26 +33 + 27 / 1002 = 0.117
= 11,7 um
FR fra x e z = 37 + 32 / 1002 = 0.068 = 6,8 um



A questo punto, grazie a questi dati, scriviamo la
mappa genica:
Z____6.8um____X____5.88um____Y



Resta da calcolare il coefficiente di coincidenza,
che è uguale a:

Frequenza dei doppi ricombinanti osservati / frequenza dei
doppi ricombinanti attesi.





Nel nostro caso osserviamo zero doppi
ricombinanti quindi il coefficente di
coincidenza è ZERO!

L’interferenza, uguale a 1 – cc è quindi
uguale a 1.

ESERCIZIO 7….
Nel pomodoro le piante nane e a frutto
ruvido sono recessive rispetto a piante
alte e a frutto liscio.
Le piante della F1 di un incrocio fra due linee
pure di pianta nana-frutto ruvido e pianta
alta-frutto liscio, vengono reincrociate con
piante nane-frutto ruvido, ottenendo i
seguenti risultati:

alto-liscio = 161
nano-liscio = 5
nano-ruvido = 118
alto-ruvido = 5


Indicate le combinazioni parentali e nonparentali e le eventuali frequenze di
ricombinazione qualora sia dimostrata
associazione fra i due geni.

SVOLGIMENTO….




Per prima cosa assegniamo un simbolo per
ciascun allele, A=alto a=nano L=liscio e
l=ruvido.

A questo punto scriviamo i genotipi delle piante
che si incrociano

P AALL X aall
F1 AaLl X aall



A questo punto identifichiamo facilmente le
classi parentali che saranno, delle quattro classi
rappresentate, le due più numerose

Alto Liscio (AL)
Nano Ruvido (al)







Calcoliamo quindi la frequenza di
ricombinazione fra i due loci con la formula:
FR= Numero di ricombinanti/ Numero totale
individui
FR fra A ed L = 5 +5 / 289 = 0,0346 Ovvero
3,46 unità di mappa..

ESERCIZIO 8….


Dal reincrocio di un individuo
eterozigote per i tre geni a, b, c con un
triplo omozigote recessivo, si sono ottenuti
i seguenti fenotipi con le relative
frequenze:

+++ 130
+b+ 259
+bc 94
a++ 80
ab+ 25
a+c 277
abc 114
++c 21
Totale individui = 1000
 Indicare: a) le combinazioni parentali; b) la
posizione relativa dei geni; c) le distanze di
mappa fra di essi.

SVOLGIMENTO….


Sappiamo che l’individuo che si incrocia col triplo
recessivo (ininfluente ai fini dell’esercizio visto
che stiamo analizzando i fenotipi) è eterozigote
per tutti e tre gli alleli a, b, e c. I parentali
saranno le due classi con maggior numero di
individui nati e cioè:

a+c 277 e +b+ 259

Quindi dobbiamo ricavare le frequenze di
ricombinazione per gli alleli.
 Iniziamo con la FR fra i loci a e b.
La FR fra a e b è uguale a:


(130 + 25 + 114 + 21) /1000 = 0.176 oppure
17.6 um
Stesso ragionamento per quanto riguarda la FR fra
i loci b e c:
(130 + 94 + 80 + 114) / 1000 = 0.418 = 41.8
um

Per quanto riguarda i doppi ricombinanti,
sono quelli meno rappresentati, infatti è
più raro che possano avvenire due eventi
di ricombinazione molto vicini durante la
meiosi.
 Essi sono perciò:
ab+ e ++c
e ci indicano anche la posizione relativa fra i
geni
èBAC


ESERCIZIO 9…
Gli alleli recessivi k (occhi a forma di
rene invece di tipo selvatico
rotondo),c (occhi color rosso
cardinale invece del tipo selvatico
rosso), ed e (corpo ebano invece del
tipo selvatico marrone) identificano
tre geni sul cromosoma 3 di
Drosophila.

Femmine con occhi a forma di rene e color
rosso cardinale furono incrociate con
maschi color ebano.
La F1 era di tipo selvatico.
Quando le femmine F1 furono reincrociate
con maschi kk cc ee, nella progenie furono
ottenuti i seguenti fenotipi:

K
K
K
K
+
+
+
+

Totale

c
c
+
+
c
c
+
+

e
+
e
+
e
+
e
+

3
876
67
49
44
58
899
4

2000





Determinare l’ordine dei geni e le distanze
di mappa tra di essi
Calcolate l’interferenza e dite cosa pensate
del suo significato

SVOLGIMENTO…..


La prima cosa è quella di andare ad individuare i
fenotipi parentali
k c +



e

+ + e

Poi andiamo a calcolare le FR tra i diversi geni


Documenti correlati


Documento PDF annuncio per sito corsi ginnastiche della salute 2013 2014
Documento PDF orario corsi web 12 11 2014
Documento PDF la verita sugli addominali scolpiti di mike geary in offerta speciale
Documento PDF g20150630
Documento PDF laboratorio di tapping
Documento PDF laboratorio di tapping 1


Parole chiave correlate